1951年6月7日，敦煌文物研究所人员受嘉奖，此举显示政府鼓励保护和整理文化遗产。政务院文化教育委员会在中国科学院举行表彰大会，表彰敦煌研究人员八年来在困苦条件下，从事敦煌莫高窟壁画的摹绘和研究工作，成绩显著，对中国自北魏隋唐以来千年文化遗产尽了保护之功。同时，政务院批准文化部的请求，增加敦煌文物研究所的经费和设备，扩充该所的编制，并令文化部文物部门会同该所拟定保护莫高窟的计划。

1944年成立的国立敦煌艺术研究所，画家常书鸿担任首任所长。莫高窟四百年无人管理、任凭破坏和偷盗的历史宣告结束。他视莫高窟为“家”，被誉为一代“敦煌守护神”，这5个字就镌刻在常书鸿先生的墓碑上。

“敦煌守护神” 常书鸿

1950年改组为敦煌文物研究所，1984年扩建为敦煌研究院。敦煌研究院是敦煌学研究的科研单位，是保护敦煌石窟（莫高窟、榆林窟、西千佛洞）和麦积山石窟、炳灵寺石窟、庆阳北石窟寺等其它文物机构的文博单位，是爱国主义教育基地，也是旅游接待单位。

2017年5月，在庆祝“国际博物馆日”之际，国家一级博物馆授牌仪式在北京举行。敦煌研究院成功晋级，成为国家文物局第三批新增的34家国家一级博物馆之一。

敦煌研究院完成的《多元异构的敦煌石窟数字化保护关键技术研发与应用推广》，获得2020年度甘肃省科学技术进步一等奖。

2021年，国家自然科学基金委员会公布了区域创新发展联合基金重点支持项目立项名单，敦煌研究院院长苏伯民主持申报的“敦煌石窟壁画颜料变色机理及色彩复原研究”获批立项，这是敦煌研究院首次获得该类项目资助。